1994. szeptember 1-én nyitotta meg kapuit két elsős osztály és két ötödikes osztály indításával a tíz éve két tannyelvű iskolaként működő Szent Benedek Iskolaközpont, amely immár Szent II. János Pál Iskolaközpont. Az alapító bencés öregdiákok egy új bencés iskolát szerettek volna létrehozni a régi Pesti Bencés Gimnázium utódjaként, ezért az intézmény Szent Benedek nevét vette fel. A lendületes indulást követően a bencés öregdiákok a későbbiekben nem tudták már fenntartani az iskolát, így a fenntartási jogokat 2002-ben átadták a Krisztus Légiója Kongregációjának. Jelenlegi székhelyére, a 11. kerületi Mezőkövesd utcába 2011-ben költözött az intézmény.
Közben a Bencés Rend saját iskolát indított Budapesten, ami szintén Szent Benedek nevét viseli azóta is, és a régi Pesti Bencés Gimnázium jogutódjának tekinti magát. A közös név gyakorta félreértésre és „keveredésre” adott okot, ezért a vezetősége döntött a névcseréről. – A hivatalos névváltoztatás nyáron volt, de egy tanévet szánunk arra, hogy a köztudatban és a gyakorlat minden területén áttérjünk az új név használatára. Miután már sem a pedagógiai koncepcióban, sem a régi nagynevű gimnázium jogutódjaként nem kötődünk Szent Benedekhez, a fenntartó engedélyt kért a Szentszék Államtitkárságától, hogy az iskola felvehesse Szent II. János Pál Pápa nevét, akinek személyisége, szellemisége igazán közel áll a fenntartó rend nevelési elképzeléseihez – összegez Tihanyi Katalin, az intézmény igazgatója.
A névváltoztatás az iskola működésében alapvető változást nem okoz. Jelenleg közel száz kisgyermek jár az intézményhez tartozó óvodába és ötszázötven diák tanul az általános iskolában és a gimnáziumban. A két tannyelvű oktatás keretében angolul lehet a matematika vagy biológia, a történelem, hittan, célnyelvi civilizáció tárgyakat elsajátítani. A 2016/2017-es tanévvel hatosztályos, emelt óraszámú történelem és matematika orienteciójú osztályok indulnak, amely új rendszert jelent a korábbi négy évfolyamos gimnáziumban.
Az iskola vezetősége október 20-án névadó ünnepséget és szentmisét szervez, amelyet Alberto Bottari de Castello apostoli nuncius celebrál.
Az intézmény új weblapja itt érhető el.
